Tras siete años de sequía, en la temporada 2003/04 llegó el segundo lauro en la Liga Nacional, esta vez con Sergio Santos Hernández como entrenador, tras vencer por 4-2 en la serie final a Gimnasia y Esgrima La Plata. El tercer título de Liga Nacional se hizo posible en la temporada 2006/07. Boca, conducido por Gabriel Picatto -desde la segunda fase-, sorprendió y superó a Ben Hur de Rafaela (3-2) en cuartos de final, Libertad de Sunchales (3-2) en semifinales y Peñarol de Mar del Plata (4-2) en la serie decisiva.
