Después de un partido dramático, camiseta chelsea el Bayern ganó 4:3. Ya en 1928 llegó con el entrenador húngaro Leo Weisz ganó el segundo campeonato. Seis semanas después de la capitulación alemana de mayo de 1945, el Bayern disputaría su primer juego, perdiendo 4:3 a su rival local FC Wacker. A nivel local «los bávaros» eran los número uno indiscutiblemente, compitiendo contra otros clubes de mayor nivel al sur de Alemania, sin embargo, con menos éxito. El partido inaugural se saldó con victoria del local con un 8:1 ante el Wacker Múnich. El balance se repartió firmándose dos empates, y una victoria para cada uno de gran significado.
En la liga solo alcanzó el séptimo lugar y hubo una vez más problemas financieros. A comienzos de 1924 el club revierte la fusión con el Turnverein Jahn, por lo que el TuSpV Bayern pasa a ser una asociación independiente con el nombre FC Bayern München, siendo dirigidos esta vez por el escocés Jin McPherson. Al año siguiente Conny Heidkamp pasa a ser jugador-entreador para afrontar la ronda final del campeonato alemán. La intención era simplemente para ahorrar gastos de viaje, pero el nuevo entrenador Willibald Hahn instó en que era necesario participar y ser capaz de imponerse en la final. Poco antes del final de la guerra jugaron en el Gauliga Múnich/Alta Baviera.
Los más duros competidores habían regresado, como el Núremberg y el SpVgg Fürth, quien en ese momento era considerado el mejor equipo alemán en Baviera. En los años siguientes el club ganó algunos trofeos locales y en 1910 el Bayern se hizo miembro de la Kreisliga recién fundada, Tiendas del Real Madrid en el Bernabéu y en Sol la primera liga regional de Baviera. En la temporada 1962-63 el club participó por primera vez en un torneo internacional de prestigio; la Copa de Ferias. En su segundo año con el Atlético, jugando la Copa de Europa, fue el máximo goleador en aquella edición con 5 tantos. En el resurgimiento, el Bayern no quería tomar parte en la copa originalmente. Pronto, el Bayern volvió a conseguir más de 1000 miembros.
De acuerdo con los registros del club, el Bayern perdió a 56 miembros que perecieron en el campo de batalla, camiseta del cadiz entre ellos los jugadores de selección Josef Bergmaier y Franz Krumm. Al final el Bayern tomó el segundo lugar detrás del Karlsruher FV. El 22 de abril de 1945, solo unos días antes del final de la guerra, venció 3:2 al 1860 Múnich. El Bayern terminó en tercer lugar en la división sureña ese año, pero el otro equipo de Múnich, el 1860 Múnich, había ganado el campeonato. Después de mucho debate en la ciudad, el estado federado de Baviera, el Bayern y el 1860 Múnich decidieron conjuntamente a finales de 2000 construir un estadio nuevo. En 1933 el club no pudo defender su título después de perder sus dos partidos vitales contra el 1860 Múnich en el campeonato alemán del sur. También es el club de fútbol alemán que ha conquistado más campeonatos internacionales: once trofeos.