Pese a que la Máquina era local, los regios lograron imponerse por goleada, equipaciones futbol 0-3 y dejaron a los celestes nuevamente sin liguilla. Previo al Apertura 2019, la Máquina ganó la Supercopa MX 2019 ante el conjunto del Necaxa en el StubHub Center. Además, como campeón de la Libertadores, tenía el derecho de disputar la Recopa Sudamericana frente a Boca Juniors, campeón de la Supercopa de 1989; el marcador fue 1-0 a favor del equipo argentino. El Clausura 2016 sería el primero con Boy al frente desde un inicio. Con Pedro Caixinha al mando, el torneo Clausura 2018 fue de reestructuración para Cruz Azul, si bien tampoco se consiguió calificar, se comenzó a implementar su estilo de juego. A lo largo del Torneo Clausura 2012 los celestes adolecieron de varias lesiones de jugadores clave (Torrado, Giménez, Villa, Ponce, Araujo), que combinado con el empalme de calendario con Copa Libertadores mermaron físicamente el rendimiento del equipo.
Para el Clausura 2019 los celestes tuvieron un inicio flojo, pero lograron mejorar en las últimas jornadas para terminar como cuarto sitio general de la tabla. En la temporada Clausura 2013 se incorporaron como refuerzos Nicolás Bertolo y Teófilo Gutiérrez. Llegaron como refuerzos importantes Pablo Aguilar, Igor Lichnovsky, Iván Marcone, Elías Hernández, Milton Caraglio y Roberto Alvarado, los cuales dieron resultados inmediatos, perfilando a Cruz Azul como líder general de la competencia. Emanuel Villa haría 17 goles en el torneo regular, siendo campeón de goleo esa campaña, y anotó otros más en liguilla, y el Cruz Azul finalizó en 2° general. En el Apertura 2009, se daría el regreso de Enrique Meza y con él, la llegada de jugadores como el argentino Emanuel el «Tito» Villa, o el portero seleccionado nacional José de Jesús Corona.
Su mudanza se produjo en el inicio de la temporada 1971-72, luego de las gestiones del presidente de la institución Guillermo Álvarez Macías para que los equipos capitalinos (América, Necaxa, Atlante y Universidad Nacional) aceptaran el traslado. El equipo fue la sensación de aquella edición donde superó a equipos tales como Defensor Sporting, Sao Caetano, Centro Deportivo Olmedo, Cerro Porteño, camiseta real madrid niño – lars7.com – River Plate y Rosario Central. 22:40 Se enzarzan Gabi y el ‘Mudo’ Vázquez en el centro del campo. 58’Cambio en Atlético de Madrid, entra al campo Álvaro Morata sustituyendo a Diego Costa. 80’Cambio en Juventus, entra al campo Paulo Dybala sustituyendo a Gonzalo Higuaín. Su partido de debut como local formalmente ocurrió el 6 de noviembre de 1971 dentro de la jornada dos de la campaña 1971-72. Perdió 3-1 ante Monterrey; Octavio Muciño realizó la primera anotación del equipo en su nueva casa. En el partido la árbitra mostró una tarjeta amarilla al equipo visitante.
Finalizaría el milenio llegando a la final contra el Pachuca (Invierno 1999), donde era favorito para ganarla al recibir el partido definitivo en casa. En la Copa MX Apertura 2018, gana su 4to. trofeo derrotando a los Rayados de Monterrey en su propia casa para coronarse. En copa lograron el liderato de la fase de grupos, pero caerían en ‘semis’ ante el Necaxa, 2-3 en el Estadio Azul. Cruz Azul. El estadio tiene una capacidad de 17,000 aficionados. El crecimiento de la Institución permitió que la compra de los terrenos se concrete el 6 de septiembre de 1928 y que meses después, llegara a la capacidad de 76 000 espectadores.
Sin embargo, los Tuzos anotaron en tiempo extra un gol de oro y ahí volver su triste historia; con ello se coronaron, privando a los celestes de lo que hubiera representado el noveno campeonato. Mientras que en la Liga, la irregularidad fue la constante. En mayo de 2013, Cruz Azul avanzó a la final de liga, tras eliminar a Monarcas Morelia en cuartos (4-3 global) y Santos Laguna en semifinales (5-1 global), teniendo que enfrentar al América por el título. Fue así como llegó a la jornada 17 con la posibilidad de calificar, en sus manos: Tigres era tanto el rival en turno, como también el rival directo en la lucha por calificar; el equipo que ganara sería el calificado. La mudanza era parte de la planeación institucional para el crecimiento y desarrollo del club.