Durante estos años el filial rojiblanco tiene numerosos problemas para conservar la permanencia, pero su labor formativa es plena al proporcionar jugadores a la primera plantilla como: Abel Resino, Mejías, Tomás Reñones, Sergio Morgado, Marina, Clemente, Mínguez o Pedraza. Por sus filas pasan jugadores que en el futuro serán importantes en otros clubs, casos de Bastón, Torres, Llorente o Estebaranz. La década de los noventa comienza con un filial que no consigue entrar entre los cuatro primeros clasificados que optan al ascenso, camiseta atletico de madrid 2022 obteniendo unas plazas que disgustan a la directiva.
