El Baleares FC participó en el Campeonato Regional de Baleares oficial, organizado inicialmente desde 1923 por la Federación Catalana de Fútbol y desde 1926 por la Federación Balear de Fútbol, hasta su supresión en 1940. El club siempre estuvo en primera línea de la competición: fue subcampeón hasta en 9 ocasiones del Campeonato de Mallorca, equipacion atletico de madrid 2023 solamente superado por la RS Alfonso XIII FC (después RCD Mallorca) o por el CD Constancia de Inca.
