Además de ellos, segunda equipacion del atletico de madrid Hermann Gerland (segundo entrenador) también se despedía ante unos 75 000 espectadores. Y si Cruyff empezó el proyecto deportivo, él debía ser el encargado de llevarlo a cabo, firmando como entrenador del equipo el 6 de junio de 1985, aún sin tener carné y sin haber hecho el pertinente curso. A pesar de haber obtenido la Recopa de Europa en su primera temporada, Cruyff intentaba hacer comprender que lo importante era que el equipo asumiese su filosofía de juego. Los neerlandeses obtuvieron la primera posición del grupo tras cosechar 2 victorias (2-0 frente a Uruguay y 4-1 frente a Bulgaria) y un empate (0-0 contra Suecia).
El equipo estaba encuadrado dentro del grupo 2 de la primera ronda junto con las selecciones de Uruguay, Suecia y Bulgaria. Cruyff cayó en un bajo estado de ánimo, y el presidente del Ajax llegó a declarar que al jugador le faltaban capacidades para seguir jugando en la primera división neerlandesa, razón por la cual no le renovó el contrato. A esto se sumó la situación política de Argentina, que en el momento de la disputa del mundial de 1978 se encontraba bajo una férrea dictadura militar, con graves y sistemáticas violaciones a los derechos humanos. Cruyff también disputó dos encuentros con la selección de Cataluña en 1973 y 1976, ambos de carácter amistoso, debido a la no oficialidad del equipo bajo los organismos internacionales.
En el año 1976, Johan también participó en la Eurocopa. Finalizado el Mundial, la selección debió jugar la etapa clasificatoria del Campeonato Europeo de 1976, en la que participó Cruyff. En abril de 2008, Cruyff desveló que a finales de 1977, cuando jugaba con el FC Barcelona, fue víctima de un intento secuestro junto a su familia. Desde el primer momento Cruyff tenía las ideas muy claras del tipo de política deportiva que quería para el equipo. El resultado final fue de 3-1 y Cruyff marcó los dos últimos goles de su equipo que deshacían el empate que hasta ese momento reinaba en el marcador por los goles de Boninsegna y de Rensenbrink. Alemania logró empatar, y antes del final del primer tiempo Gerd Müller hizo el segundo tanto.
Esa última temporada resultó especialmente complicada para el jugador, ya que se produjo la muerte de quien había sido para él su segundo padre, el cuidador del campo del Ajax. En la que fue su última temporada consiguió hacer doblete, ganando la Liga y la Copa, además de ser designado como mejor jugador de la Eredivisie. Los octavos de la Copa de la Reina llegan a su fin con las campeonas de Copa y Liga eliminadas. En el verano de 1990 su puesto en el banquillo del Barça no estaba nada seguro, aunque se consiguió ganar la Copa del Rey.
El partido de vuelta se jugó en el Estadio Rey Balduino en Bruselas el 22 de mayo, concluyendo el partido con un 2-1 a favor de los neerlandeses y en el que Cruyff marcó el segundo gol. Este partido fue disputado el 19 de junio en el Maksimir Stadium, y acabó con un tanteo de 3-2 a favor de la selección nacional de los Países Bajos en la prórroga. La selección nacional neerlandesa se enfrentó en cuartos de final a la selección de Bélgica. La final del Mundial se disputó el 7 de julio y tiene como protagonistas a la selección de los Países Bajos, con Cruyff al frente, y a la selección de Alemania Federal, capitaneada por Franz Beckenbauer.